Diagnozo afriškega tripanosomija je treba upoštevati pri vseh osebah, ki so ostale v območjih Afrike, za katere velja, da so ogrožene zaradi bolezni.
Prvo fazo spalne bolezni je težko diagnosticirati, saj povzroča nespecifične simptome, kot sta zvišana telesna temperatura in šibkost. Metode, ki se uporabljajo za neposredno identifikacijo tripanosomov, vključujejo analizo s svetlobno mikroskopijo krvnih vzorcev (razmaz ali debela kapljica) ali aspiracijo bezgavk. Druge nespecifične laboratorijske ugotovitve kažejo na pancitopenijo, povečano VES in PCR ter povišane vrednosti IgM.
Ko parazit vdre v osrednji živčni sistem in bolniki začnejo manifestirati nevrološke in psihiatrične simptome (slaba motorična koordinacija, dezorientacija, konvulzije in motnje spanja), diagnostična ocena zahteva analizo vzorca cerebrospinalne tekočine . Pregled tekočine omogoča izolacijo tripanosomov in izpostavitev visokih ravni limfocitov, celotnih beljakovin, izrazito povečanje IgM in značilnih Mottovih celic (plazemske celice s citoplazmatskimi vakuolami, ki vsebujejo imunoglobuline).
