PH fekalij je običajno nevtralen ali rahlo alkalen (6, 8 - 7, 5). Bolj kisla blata, fiziološka le pri novorojenčku, lahko kaže na črevesne okužbe (Escherichia coli, Rotavirus) ali prebavne motnje, kot je laktoza ali intoleranca za maščobo (steatorrhea zaradi insuficience trebušne slinavke ali žolčnika).
Če se pH fekalij poveča v prisotnosti trulljivega dysbiosisa, se nagiba navzdol v prisotnosti fermentativne disbioze, katere vzroke za nastanek najdemo v pretiranem zaužitju ogljikovih hidratov ali v slabi absorpciji iste (celiakija). . Tudi v prisotnosti obilnega vnosa lipidov, pri vegetarijanski prehrani in podaljšanem postu pH vrednosti blata postane kislina.
Da bi se izognili izkrivljanju rezultatov pregleda, iztrebki ne smejo biti okuženi z urinom in morajo biti hitro ohlajeni, da se prepreči, da bi sečni amoniak in gnojne bakterije izločili iz fekalnega pH.