Zaščitno delovanje čilija in njegova značilna učinkovina - kapsaicin - proti gastritisu in peptični razjedi je bilo dokazano z več študijami, do te mere, da se danes preučuje povezava kapsaicina z aspirinom in drugimi. NSAIDs za zmanjšanje škodljivih učinkov teh zdravil na sluznico želodca.
Nekatere raziskave kažejo, da ima kapsaicin tudi antimikrobno aktivnost proti bakteriji Helicobacter pylori, ki je glavni vzrok za peptični ulkus in kronični gastritis pri ljudeh. Ta aktivnost je bila dokazana tudi za seve Helicobacter pylori, odporne na metronidazol, in je v skladu z rezultati nekaterih epidemioloških študij; statistični podatki dejansko kažejo, da je v nekaterih populacijah, v katerih se pogosto uporablja vroča paprika, pojavnost razjed na želodcu nižja.
Na podlagi koncentracij, preskušenih v in vitro študijah, da bi dosegli antibiotične učinke proti Helicobacter pylori, bi moral biti vnos vroče paprike (od 3 do 9 suhih paprik na dan, odvisno od vsebnosti kapsaicina); vendar pa je treba določiti, da lahko poleg kapsaicina tudi druge snovi, ki so prisotne v čilijonovi papriki (fitokompleks), izvajajo sinergistično aktivnost, s čimer se zmanjša minimalna učinkovita doza. Poleg tega bi lahko sinergija s prirojeno obrambo želodca dodatno zmanjšala odmerek čilija, ki je zadosten za odstranitev Helicobacter pylori iz želodčnega okolja.
Nedavni pregled razmerja med porabo čilija in rakom želodca (glede katerega obstajajo nasprotujoče si študije), priporoča zmernost vnosa kapsaicina, da bi v celoti uživali možne koristi brez tveganja. Povabilo pa velja zlasti za tiste populacije (kot je mehiška), kjer je običajno uživanje čilijeve paprike in koncentracije kapsaicina v porabljenih sortah očitno višje od italijanskih navad.
