Trenutno cepivo ali zdravilo za preprečevanje afriškega tripanosomija ni na voljo. Preventivni ukrepi so zato namenjeni zmanjševanju stika s tse-tse muhami.
Najprej se je treba izogibati napadenim območjem. Muharica tsetse je manj aktivna v najbolj vročih urah dneva, lahko pa jo napada, če jo moti. Ne smemo pozabiti, da to žuželko privlačijo premikajoči se predmeti ter svetle ali temne barve; lahko tudi žge z lahkimi oblačili. Zato je priporočljivo, da nosite srajce in hlače, ki čim bolj pokrivajo ude; zlasti je treba dati prednost oblačilom odpornega materiala in nevtralnim barvam, ki se mešajo z okoljem. Uporabna je lahko tudi uporaba repelentov na oblačilih. Roje tse-tse muh lahko sledijo premikajočim se vozilom, zato je bolje, da zaprete okna avtomobila, da bi preprečili napad na kabino.
Boj proti vektorski žuželki se lahko izvede na okoljski ravni z uničenjem habitatov za razmnoževanje, uporabo insekticidov in pasti (bolje, če je impregniran s permetrinom) v zavetiščih za tse-tse muhe (čiščenje savane). in vegetacijo vzdolž vodotokov) in zdravljenje preganjanih oseb (vir okužbe za nosilce).
