Pri imunokompetentnih osebah na splošno ni potrebno posebno zdravljenje za toksoplazmozo . Bolezen skoraj vedno spontano izgine v nekaj mesecih; če je potrebno, je mogoče sprejeti simptomatske terapije.
Po drugi strani pa je pri imunsko depresiranih posameznikih in pri prirojenih oblikah zdravljenje s kombinacijo pirimetamina in sulfadiazina v kombinaciji s folinsko kislino (tj. 5-metil-tetrahidrofolat: folna kislina, pretvorjena v tetrahidrofolat in dodana z metilno skupino) vsebovala tveganje poškodb zaradi antagonizma s folati (vključno z mielosupresijo). Poleg tega je treba bolnikom z očesno toksoplazmozo dajati kortikosteroide.
Pri nosečnicah s primarno okužbo lahko zdravljenje z antibiotiki zmanjša tveganje za poškodbe ploda. Zlasti se predpiše spiramicin, če se je toksoplazmoza zlomila v prvem trimesečju (dobro prenaša in brez toksičnosti za plod, saj ne prehaja skozi placento) ali kombinacijo sulfadiazina, pirimetamina in folinske kisline. Ta zadnji terapevtski načrt je teoretično učinkovitejši, če je plod že okužen, vendar je bolj strupen (pirimetamin se ne sme uporabljati v prvem trimesečju, ker je teratogen). Zato je treba zdravljenje izvajati pod strogim zdravniškim nadzorom in zahteva stalno spremljanje krvne slike.
