Z uporabo kontaktne leče pridejo v stik z različnimi snovmi, ki tvorijo solzilni film, vključno z beljakovinami (lizocim, albumini, mukopolisulfidi, fibronektin itd.). Sčasoma se lepljajo na površino leče in lahko denaturirajo, kar zmanjšuje stopnjo vlažnosti in hidrofilnosti. Zaradi tega so te naprave manj udobne, kot bi morale biti, in povzročajo atopične reakcije, kot so papilarni konjunktivitis in rdečica oči . Poleg tega beljakovine, ki se držijo leč, ustvarjajo majhne lise, zaradi katerih je vid zamegljen .
Za odstranitev beljakovinskih usedlin iz leč je zato nujno potrebno čistiti z detergenti in proteolitičnimi encimskimi proizvodi, ki jih je treba redno izvajati. Te raztopine lahko raztrgajo vezi med molekulami beljakovin (ki še niso denaturirane), ki se lahko tako sperejo z leče.
Druga možnost je uporaba kontaktnih leč za enkratno uporabo : te se dejansko spremenijo in zavržejo, ko jih uporabimo, preden lahko nastane stalna kopičenje beljakovinskega materiala.
