Razgradnja ogljikovih hidratov se začne v ustni votlini in se nadaljuje v črevesje, kjer se absorbirajo različna hranila. Namen tega postopka je hidroliza disaharidov, oligosaharidov in polisaharidov v posameznih monosaharidih, ki jih tvorijo, da bi jih lahko absorbirali v črevesni sluznici. Kot smo že omenili, sladkorji, ki so bili uvedeni s prehrano, kot so glukoza in fruktoza, ne potrebujejo nobenega prebavnega procesa in se kot taki absorbirajo. Zlasti glukoza se absorbira z aktivnim transportom, medtem ko fruktoza prehaja skozi črevesno sluznico z olajšano difuzijo; Iz tega sledi, da se levuloza absorbira počasneje in to prispeva k znižanju glikemičnega indeksa.
Škrob je prevladujoči del kompleksnih ogljikovih hidratov, vzetih v uravnoteženi prehrani; sestavljajo ga številne glukozne enote, ki so povezane linearno (amiloza) in razvejane (amilopektin), in se uvaja predvsem prek krompirja, stročnic, žit in pridobljenih proizvodov, kot so testenine in kruh. Njegova prebava se začne v ustih, kjer jo napadajo salivirane a-amilaze, ki sproščajo maltozo in izomaltozo (disaharidi, ki jih tvori asociacija dveh glukoznih enot, ki jih združujejo α-1, 4 in α-1, 6 vezi), maltotriose (tokrat obstajajo tri molekule glukoze) in dekstrini (7-9 enot glukoze, s prisotnostjo razvejanosti). Na ravni ust, je prebava ogljikovih hidratov v vsakem primeru omejena, glede na omejen čas, ko hrana ostane v ustni votlini.
Aktivnost salivarnih α-amilaz se ustavi v želodcu zaradi kislosti, ki je značilna za želodčno okolje. Prebava ogljikovih hidratov se nadaljuje in se zaključi v tankem črevesu, zahvaljujoč kombiniranemu delovanju trebušnih in črevesnih sokov. V prvem je prisoten encim a-amilaze, analogen encimu s slinavkam, ki kot tak pretvarja škrob v maltozo in dekstrine. Tega ni mogoče hidrolizirati s pankreatičnimi amilazami in je podvržen delovanju specifičnih encimov razveze (α-1, 6 glikozidaze, α-dekstrinaze ali izomaltaze), ki so prisotni v epitelnih celicah tankega črevesa. Na tej ravni najdemo dodatne encime, ki sodelujejo pri razgradnji disaharidov; saharoza, na primer, vodi do tvorbe glukoze in fruktoze, začenši s molekulo saharoze, in zagotavlja hidrolizo maltoze in maltotrioze v sinergiji z encimom maltazo; končno, laktaza prebavi mlečni sladkor tako, da ga razgradi v glukozo in galaktozo (pomanjkanje tega encima, zelo pogosta v odrasli dobi, zlasti pri barvnih populacijah, je odgovorno za intoleranco za laktozo).
Ko je razgradnja ogljikovih hidratov v posameznih monosaharidih dokončana, so sladkorji pripravljeni za absorpcijo. Kot je bilo pričakovano, se lahko ta absorpcija izvede z olajšano difuzijo (fruktozo) ali z aktivnim transportom (glukoza, galaktoza).
Vseh ogljikovih hidratov, ki so vključeni v prehrano, ni mogoče prebaviti in celo sam škrob, zlasti če je surov, težko prebavljiv. Nekatere zelenjave, kot so stročnice, vsebujejo na primer neprebavljive oligosaharide (rafinozo, verbascose in stachiosio). Enako velja za prehranska vlakna, vključno s celulozo. Razgradnja teh ogljikovih hidratov je namesto tega možna za druge živali, kot so prežvekovalci, in za bakterije, ki so prisotne v našem debelem črevesu. Ti mikroorganizmi fermentirajo maščobne kisline, ki proizvajajo prehranske vlaknine, z odvajalnim učinkom, trofično za sluznico debelega črevesa in dragoceno za splošno zdravje celotnega organizma.
