Natančen izvor Marburgovega virusa še ni znan. Trenutno je verjetno, da je bolezen, za katero je odgovorna, lahko zoonoza, ki jo vzdržuje ena ali več avtohtonih živali afriške celine. Vendar dosedanje raziskave niso omogočile opredelitve naravnega rezervoarja bolezni, čeprav so bili analizirani številni vretenčarji in členonožci.
Po podatkih Svetovne zdravstvene organizacije ljudje niso del naravnega cikla virusa, zato bi okužba v bistvu prišla iz običajnega stika z drugim okuženim primatom. Pravzaprav je bil dokumentiran prenos preko nekaterih vrst opic, verjetno delujejo kot "ojačevalni gostitelji" za virus Marburg. Poleg tega nekateri dokazi kažejo, da so primati lahko okuženi z izpostavljenostjo netopirjem .
