Poleg individualnih zaščitnih ukrepov in nadzora nad nosilcem se lahko cepljenje prepreči tudi z japonskim encefalitisom .
Cepivo Ixiaro, ki ga je že odobrila FDA (uprava za hrano in zdravila) v ZDA in ga je odobrila EMEA (Evropska agencija za zdravila), se daje intramuskularno v deltoidnem predelu (nadlakti), v dveh odmerkih, drugi pa v ki se inokulira 4 tedne po prvi. Za dobro aktivno imunizacijo je treba cepljenje zaključiti vsaj en teden pred možnim stikom z virusom japonskega encefalitisa.
Cepivo proti japonskemu encefalitisu je priporočljivo za potnike, ki dolgo ostanejo na prostem na endemičnih območjih, v času, ko je verjetno prenos okužbe; vendar ni indiciran za posameznike, mlajše od 18 let, med nosečnostjo in med dojenjem.
