Aneuploidija je kromosomska anomalija, za katero je značilna sprememba normalnega števila kromosomov, prisotnih v celici določene vrste.
Kar zadeva človeško bitje, subjekt, ki ima več ali manj kromosomov kot normalno število, ki je 46, velja za aneuploid .
Aneuploidija lahko vpliva na avtosomne kromosome ali spolne kromosome in lahko včasih povzroči resne posledice. Ena izmed najbolj znanih aneuploidij je Downov sindrom (ali trisomija 21 ), za katerega je značilno prisotnost drugega avtosomnega kromosoma 21 poleg dveh kanonov.